Die Mitgliederversammlung wählt für zwei Jahre eine*n Vorsitzende*n und vier Stellvertreter*innen; je ein(e) Stellvertreter(in) soll aus dem Bereich der Glaubensgemeinschaften, dem Bereich der zivilgesellschaftlichen Organisationen, dem Bereich der Gewerkschaften und dem Bereich der Wirtschaft stammen.
Der/die Vorsitzende vertritt die Allianz nach innen und außen und führt den Vorsitz in der Mitgliederversammlung.