Die Mitgliederversammlung wählt für zwei Jahre eine*n Vorsitzende*n und vier Stellvertreter*innen; je ein*e Stellvertreter*in soll aus dem Bereich der Religionsgemeinschaften, dem Bereich der zivilgesellschaftlichen Organisationen, dem Bereich der Gewerkschaften und dem Bereich der Wirtschaft stammen.
Der*die Vorsitzende vertritt die Allianz nach innen und außen und führt den Vorsitz in der Mitgliederversammlung.